Linux Kurulumu

Yükleme
Linux x 86 ImageJ, karşıdan yükleyip için. tar.gz dosyasını, ImageJ dizine ayıklayın, ImageJ dizinine geçin ve ‘run’ komut dosyasını yürütün.

Örnek:

gunzip ij123-x86.tar.gz tar xvf ij123-x86.tar cd ImageJ ./run

Yeni Linux sürümlerinde ImageJ ‘run’ komut dosyasını çift tıklatarak çalıştırabilirsiniz.
Bu yükleme, Sun’ın Java Çalışma Zamanı Ortamı 1.5 (dizinde jre) ve tam ImageJ kaynak kodunda (src.zip) içerir.

Bellek
ImageJ için fazla 256 mb bellekten fazlasını kullanılabilmesini sağlamak için ‘run’ komut dosyasını düzenleyin. Örneğin, komut dosyasına değiştirme

./jre/bin/java -Xmx512m -jar ij.jar

512 mb ImageJ için kullanılabilir hale getirir. ImageJ dokümantasyonlarında wiki sıkça sorulan sorular bulunuyor.
64 Bit Linux ve Java’nın 64 bit sürümünü çalıştıran bir bilgisayardada 8 GB’a kadar yükseltme konfigürasyonu yapılabilir.


Yükseltme
ImageJ en son sürümüne yükseltmek için yeni bir http://rsb.info.nih.gov/ij/upgrade/gelen ij.jar jar dosyası ImageJ dizininde değiştirin.

Java Runtime paylaşımı
-İjpath seçeneğini kullanarak komut satırından plugins dizininin konumunu belirtebilirsiniz. Böylece, ImageJ ortak bir konumda (örneğin, /usr/local/ImageJ) ve kabuk komut dosyası kullanarak kullanıcıların ev dizininden çalıştırın. Bu örnek ImageJ /usr/local/ImageJ /home/wayne/ImageJ/plugins bir plugins dizini kullanarak çalışır:

cd /usr/local/ImageJ ./jre/bin/java -Xmx512m -jar ij.jar -ijpath /home/wayne/ImageJ

Bu örnek, ImageJ da /usr/local/ImageJ içinde yer alan eklenti dizini /usr/local/ImageJ çalıştırmak için Java 1.5 sdk kullanır:

/usr/java/jdk1.5/bin/java -Xmx512m -cp /usr/local/ImageJ/ij.jar:/usr/java/jdk1.5/lib/tools.jar -ijpath /usr/local/ImageJ

Tools.jar için gerekli olan sınıf, ekler Eklentiler > derleyip çalıştırın run için komutu.
Eklentiler derlenmesi
Eklentiler > derleyip çalıştırın komutu, Java Development Kit (jdk) ile bulunan tools.jar dosyasının içerdiği javac derleyici kullanır. Linux dağıtımları ImageJ tools.jar (veya javac.jar denilen bir stripped down version) Java jdk ayrı olarak yüklemeniz ImageJ/jre/lib/ext. kullanıcılar uzantısında ya gerekir dahil bulunan Java runtime komut satırına tools.jar Ekle, örneğin:

java -Xmx200m -cp ij.jar:/usr/local/jdk1.6/lib/tools.jar ij.ImageJ

veya örneğin tools.jar, Java uzantılarını dizinine kopyalayın:

/usr/local/jdk1.6/jre/lib/ext/

Tarayıcı desteği
ImageJ Web sayfalarını açmak için Netscape’in Yardım menüsündeki birçok komutu çalıştırın.

ln -s /usr/local/bin/mozilla /usr/local/bin/netscape

ImageJ 1.38 k ve daha sonra Yardım menüsündeki komutları yüklenmesi için aşağıdaki tarayıcılardan birini (bu sırayla test) bekliyoruz: netscape, firefox, konqueror, mozilla, opera, epiphany ya da vaşak. Belirli bir tarayıcı tercih ederseniz, bir sembolik bağ ‘netscape için’, yukarıda özetlenen olur.

Komut satırı seçenekleri
ImageJ, aşağıdaki komut satırı seçeneklerini tanır: “file-name” Opens a file Example 1: blobs.tif Example 2: /Users/wayne/images/blobs.tif Example3: e81*.tif -ijpath path Specifies the path to the directory containing the plugins directory Example: -ijpath /Applications/ImageJ -port Specifies the port ImageJ uses to determine if another instance is running Example 1: -port1 (use default port address + 1) Example 2: -port2 (use default port address + 2) Example 3: -port0 (do not check for another instance) -macro path [arg] Runs a macro or script, passing it an optional argument, which can be retrieved using getArgument() Example 1: -macro analyze.ijm Example 2: -macro analyze /Users/wayne/images/stack1 -batch path [arg] Runs a macro or script in batch (no GUI) mode, passing it an optional argument. ImageJ exits when the macro finishes. -eval “macro code” Evaluates macro code Example 1: -eval “print(‘Hello, world’);” Example 2: -eval “return getVersion();” -run command Runs an ImageJ menu command Example: -run “About ImageJ…” -debug Runs ImageJ in debug mode
Gnome (Ubuntu) Başlatıcısı oluşturma
ImageJ dizininde ya da değiştirme ‘run’ adlı dosyayı düzenleme

~/ImageJ/jre/bin/java -Xmx512m -jar ~/ImageJ/ij.jar -ijpath ~/ImageJ

Eğer Java kullanarak ImageJ dağıtım veya için paketlenmiş

java -Xmx512m -jar ~/ImageJ/ij.jar -ijpath ~/ImageJ

Eğer sisteminizde yüklü Java kullanarak. Unutmayın, bu örnekleri ImageJ dizini ev dizininizde olduğu varsayılmaktadır.
Sonraki dosyanın yürütülebilir olduğundan emin olun:

$ cd ~/ImageJ/ $ chmod +x run

Sonra aşağıdaki adımları izleyin:

  • ImageJ dizininde yoksa, rsb.info.nih.gov/ij/images/ImageJ.pngsimgesini indirmek.
  • /Usr/share/pixmaps için kopyalayın.
  • Gnome panelinde, ekranın üst sağ tıklayın ve “Ekle paneli için” seçin.
  • “Özel uygulama başlatıcısı” seçin.
  • “Browse” düğmesine bas, ‘çalışma’ komut dosyasını bulun ve seçin.
  • “No simgesi” düğmesini ve ImageJ simgesini (antika pirinç mikroskobu) seçin.

Alternatif olarak, Sistem > Tercihler > Menus & Toolbars komutu Gnome menülerinde bir menü girişi eklemenize izin verir.

Bir Cevap Yazın

E-posta hesabınız yayımlanmayacak. Gerekli alanlar * ile işaretlenmişlerdir